6-Fluoro-5-methyl-1H-indole เป็นสารประกอบที่มีการนำไปใช้ในหลายด้าน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งหมู่ฟลูออรีนและเมทิล ทำให้มีศักยภาพในการเป็นสารตั้งต้นสำหรับการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ เช่น ยาต้านมะเร็ง หรือสารต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังอาจถูกใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ เนื่องจากมีคุณสมบัติทางเคมีที่สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการออกฤทธิ์ นอกจากนี้ยังอาจพบการใช้งานในห้องปฏิบัติการเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกทางเคมีที่เกี่ยวข้องกับสารประกอบอินโดล ซึ่งเป็นโครงสร้างพื้นฐานที่พบในสารธรรมชาติหลายชนิด