เมสคาลีนไฮโดรคลอไรด์ถูกใช้ในการศึกษาทางจิตวิทยาและจิตเวชศาสตร์เพื่อทำความเข้าใจผลกระทบต่อจิตใจและความคิดของมนุษย์ มักใช้ในการวิจัยเกี่ยวกับการรับรู้, อารมณ์, และสภาวะทางจิต โดยเฉพาะในการศึกษาปรากฏการณ์ทางจิตวิญญาณและการรับรู้ที่เปลี่ยนแปลงไป นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อประเมินศักยภาพในการบำบัดโรคทางจิตเวช เช่น ภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล อย่างไรก็ตาม การใช้สารนี้ต้องอยู่ภายใต้การควบคุมอย่างเคร่งครัดเนื่องจากผลข้างเคียงและความเสี่ยงที่อาจเกิดขึ้น