ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งโปรติเอสและโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ หน้าที่ของกรดบอโรนิกช่วยให้เข้าร่วมในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม Suzuki-Miyaura ทำให้มีคุณค่าในเคมีทางการแพทย์สำหรับการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ใช้อย่างแพร่หลายในการเตรียมยับยั้งเอนไซม์ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังโปรติเอสเซรีน เนื่องจากกรดบอโรนิกสามารถก่อตัวปฏิกิริยาคอเวเลนต์แบบกลับได้กับสารตกค้างในจุดใช้งาน นอกจากนี้ยังใช้ในการออกแบบเซ็นเซอร์และวัสดุฟังก์ชันนัลที่ต้องการการจับติดแบบเลือกสรรหรือกิจกรรมการเร่งปฏิกิริยา