เบนซาไมดีน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้เป็นตัวยับยั้งเอนไซม์ทริปซิน (trypsin inhibitor) ในการทดลองทางชีววิทยาโมเลกุลและชีวเคมี เพื่อป้องกันการย่อยสลายของโปรตีนที่มีความไวต่อเอนไซม์กลุ่ม serine proteases โดยเฉพาะทริปซิน และ thrombin จึงนิยมเติมสารนี้ลงในบัฟเฟอร์สกัดโปรตีนเพื่อรักษาความบริสุทธิ์และโครงสร้างของโปรตีนเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกี่ยวกับการควบคุมกระบวนการแข็งตัวของเลือด และศึกษาบทบาทของโปรตีเอสในเส้นทางสัญญาณของเซลล์ รวมถึงประยุกต์ใช้ในโครมาโตกราฟีเพื่อทำให้โปรตีนบริสุทธิ์ โดยการจับกับลิแกนด์ที่เฉพาะเจาะจงในเรซินที่ใช้แยกโปรตีน