PF429242 dihydrochloride ถูกใช้หลักๆ ในงานวิจัยเพื่อศึกษาการควบคุมเมแทบอลิซึมของคอเลสเตอรอลและลิพิด โดยทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้ง Site-1 Protease (S1P) ซึ่งเป็นเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการกระตุ้น sterol regulatory element-binding proteins (SREBPs) การยับยั้ง S1P ช่วยให้นักวิจัยเข้าใจบทบาทของ SREBPs ในการควบคุมยีนที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์และการดูดซึมลิพิด สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสำรวจเส้นทางที่เกี่ยวข้องกับความผิดปกติทางเมแทบอลิซึม เช่น hypercholesterolemia และ fatty liver disease นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในความพยายามค้นพบยาเพื่อระบุเป้าหมายบำบัดที่เป็นไปได้สำหรับภาวะที่เกี่ยวข้องกับเมแทบอลิซึมลิพิดที่ผิดปกติ