กรดซีลีนิก ใช้เป็นสารออกซิไดซ์ที่มีฤทธิ์แรงในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะในการผลิตสารประกอบของซีลีเนียมที่ใช้ในอุตสาหกรรมอิเล็กทรอนิกส์ เช่น เซมิคอนดักเตอร์และเซลล์แสงอาทิตย์ นอกจากนี้ยังใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อวิเคราะห์ปริมาณของธาตุบางชนิด เช่น การตรวจสอบปริมาณของเหล็กในตัวอย่างทางชีวภาพหรือสิ่งแวดล้อม ด้วยความสามารถในการทำให้เกิดปฏิกิริยาสีที่ชัดเจน อย่างไรก็ตาม เนื่องจากมีพิษและกัดกร่อนสูง จึงต้องใช้อย่างระมัดระวังและควบคุมสภาวะการใช้งานอย่างเคร่งครัด