ไฮโกรไมซิน บี ถูกใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุลในฐานะตัวแทนคัดเลือกในการเพาะเลี้ยงเซลล์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประสิทธิภาพในการคัดเลือกและรักษาเซลล์ยูคาริโอติกที่ได้รับการดัดแปลงพันธุกรรมให้แสดงออกถึงความต้านทานต่อยาปฏิชีวนะนี้ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการพัฒนาเซลล์สายพันธุ์ที่เสถียรสำหรับวัตถุประสงค์การวิจัย เช่น การศึกษาฟังก์ชันของยีนและการแสดงออกของโปรตีน นอกจากนี้ ยังใช้ในการคัดเลือกสิ่งมีชีวิตทรานสเจนิก รวมถึงพืชและสัตว์ เพื่อให้แน่ใจว่าเฉพาะสิ่งมีชีวิตที่มีการดัดแปลงพันธุกรรมที่ต้องการเท่านั้นที่รอดชีวิต การประยุกต์ใช้ขยายไปยังสาขาจุลชีววิทยา ที่ซึ่งใช้ในการคัดเลือกแบคทีเรียที่มีพลาสมิดเฉพาะพร้อมตัวบ่งชี้ความต้านทานไฮโกรไมซิน เพื่ออำนวยความสะดวกในการโคลนและการทดลองวิศวกรรมพันธุกรรม