เมทิล โปรโตกราซิลลิน ใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยเนื่องจากคุณสมบัติทางชีวภาพที่เป็นไปได้ มีความสนใจในงานศึกษาด้านเภสัชกรรมเนื่องจากโครงสร้างที่คล้ายคลึงกับสารประกอบที่มีฤทธิ์ต้านการอักเสบและต้านจุลินทรีย์ ทำหน้าที่เป็นสารกลางที่มีประโยชน์ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในการพัฒนายาตัวใหม่ การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่การทดสอบทางชีวเคมีที่ซึ่งประเมินการยับยั้งเอนไซม์ โดยเฉพาะในเส้นทางที่เกี่ยวข้องกับความเครียดออกซิเดชันและการเผาผลาญของเซลล์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เพื่อปรับให้เหมาะสมกับสารนำในโปรแกรมค้นพบยา