ไฮดรอกซีอะพาไทต์ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในทางการแพทย์และทันตกรรม เนื่องจากมีคุณสมบัติ biocompatibility และคล้ายกับแร่ธาตุในกระดูกและฟันของมนุษย์ จึงมักใช้เป็นวัสดุปลูกถ่ายหรือเติมเต็มในกระบวนการศัลยกรรมกระดูกและฟัน เช่น การปลูกถ่ายกระดูก การซ่อมแซมกระดูกที่แตกหัก หรือการเคลือบฟันเทียม เพื่อส่งเสริมการสร้างกระดูกใหม่และการรวมตัวกับเนื้อเยื่อรอบข้าง ในด้านวิศวกรรมเนื้อเยื่อ ไฮดรอกซีอะพาไทต์ยังถูกใช้เป็นโครงสร้างรองรับ (scaffold) สำหรับการเติบโตของเซลล์กระดูกใหม่ ซึ่งช่วยในการฟื้นฟูเนื้อเยื่อที่เสียหายได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังใช้ในระบบส่งยาเพื่อการปล่อยยาแบบควบคุมของสารรักษา ในผลิตภัณฑ์ดูแลช่องปาก เช่น ยาสีฟันและน้ำยาบ้วนปาก เพื่อช่วยขัดถู ลอกคราบ เสริมสร้างความแข็งแรงของเคลือบฟัน และป้องกันฟันผุ และใช้ในการบำบัดน้ำเพื่อกำจัดโลหะหนักเนื่องจากคุณสมบัติการดูดซับ