น้ำยาไอโอดีนโมโนคลอไรด์ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารคลอรีนating agent โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการนำอะตอมคลอรีนเข้าไปในสารประกอบอะโรมาติก นอกจากนี้ยังใช้ในการกำหนดค่าความสามารถในการดูดซับไอโอดีนในไขมันและน้ำมัน ซึ่งเป็นตัววัดความไม่อิ่มตัวที่สำคัญในสารเหล่านี้ ในเคมีวิเคราะห์ ทำหน้าที่เป็นตัวเร่งสำหรับการตรวจจับและวัดปริมาณสารประกอบที่ไม่อิ่มตัว นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมยาและสีย้อมบางชนิดที่ต้องการการฮาโลเจนเนชันที่แม่นยำ บทบาทในกระบวนการอุตสาหกรรมรวมถึงการปรับเปลี่ยนโพลิเมอร์และการสังเคราะห์สารเคมีเฉพาะทาง