แอมโมเนียมไบซัลเฟตถูกนำไปใช้อย่างแพร่หลายในแอปพลิเคชันอุตสาหกรรมต่างๆ เนื่องจากคุณสมบัติเป็นกรดและความละลายในน้ำ มักใช้เป็นสารปรับ pH ในกระบวนการบำบัดน้ำ ช่วยทำให้สารอัลคาไลน์เป็นกลางและรักษาคุณภาพน้ำให้เหมาะสม ในอุตสาหกรรมกระดาษ ใช้ปรับสภาพเส้นใยและเพิ่มความแข็งแรงของกระดาษ ในอุตสาหกรรมสิ่งทอ ทำหน้าที่เป็นสารยึดสี ช่วยให้สีย้อมติดกับเนื้อผ้าได้ดีและเพิ่มความคงทนของสี นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตน้ำยาทำความสะอาดและผงซักฟอก โดยทำหน้าที่เป็นสารบัฟเฟอร์เพื่อรักษาความเสถียรของสูตร ในเกษตรกรรม แอมโมเนียมไบซัลเฟตบางครั้งใช้เป็นสารปรับปรุงดินเพื่อลด pH ของดิน ทำให้เหมาะสำหรับพืชที่ชอบดินกรด นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบแอมโมเนียมอื่นๆ และเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาออร์แกนิกบางชนิด