แอมโมเนียมไทโอซัลเฟตถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นปุ๋ยในภาคเกษตร โดยเฉพาะสำหรับพืชที่ต้องการแหล่งกำมะถันและไนโตรเจนที่พร้อมใช้งานทันที มีประสิทธิภาพสูงในดินอัลคาไลน์ที่แหล่งกำมะถันอื่น ๆ อาจไม่ทำงานได้ดี สารเคมีนี้ช่วยปรับปรุงการเจริญเติบโตของพืชและผลผลิตพืชโดยให้สารอาหารจำเป็นที่พืชดูดซึมได้ง่าย

ในอุตสาหกรรมภาพถ่าย แอมโมเนียมไทโอซัลเฟตทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในกระบวนการ fixation ใช้กำจัดเงินฮาไลด์ที่ไม่ได้รับแสงจากฟิล์มและกระดาษภาพถ่าย เพื่อให้ภาพที่พัฒนาแล้วมีความเสถียรและคงทน การใช้งานนี้สำคัญสำหรับการถ่ายภาพฟิล์มแบบดั้งเดิมและเทคนิคการพิมพ์สมัยใหม่บางประการ

นอกจากนี้ แอมโมเนียมไทโอซัลเฟตยังถูกนำมาใช้ในอุตสาหกรรมเหมืองแร่และโลหะวิทยาในการสกัดโลหะมีค่าอย่างทองคำและเงิน ทำหน้าที่เป็นสารลูชิงที่ช่วยละลายโลหะเหล่านี้ออกจากแร่ ซึ่งสามารถกู้คืนได้ผ่านกระบวนการต่อไป วิธีนี้ได้รับความนิยมเนื่องจากมีประสิทธิภาพและผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมต่ำกว่าวิธีอื่น

ในด้านสิ่งแวดล้อม แอมโมเนียมไทโอซัลเฟตถูกใช้ในกระบวนการกำจัดกำมะถันจากก๊าซไอเสียเพื่อลดการปล่อยก๊าซซัลเฟอร์ไดออกไซด์จากโรงงานอุตสาหกรรม ช่วยเปลี่ยนก๊าซซัลเฟอร์ไดออกไซด์ที่เป็นอันตรายให้เป็นสารประกอบที่เป็นอันตรายน้อยกว่า จากนั้นจึงลดมลพิษทางอากาศและสนับสนุนการดำเนินงานอุตสาหกรรมที่สะอาดกว่า