แอมโมเนียมฟลูออไรด์ถูกนำไปใช้อย่างกว้างขวางในแอปพลิเคชันอุตสาหกรรมต่างๆ เนื่องจากคุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ มักใช้เป็นสารกัดแก้วในการผลิตแก้วและเซรามิก ซึ่งช่วยสร้างพื้นผิวแบบฟรอสเต็ดหรือแมตต์ ในอุตสาหกรรมอิเล็กทรอนิกส์ ใช้เป็นสารทำความสะอาดเวเฟอร์ซิลิกอน โดยกำจัดออกไซด์และสิ่งปนเปื้อนเพื่อให้มั่นใจในคุณภาพการผลิตเซมิคอนดักเตอร์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการรักษาไม้เพื่อป้องกันการเน่าเปื่อยจากเชื้อราและความเสียหายจากแมลง ในเคมีวิเคราะห์ ทำหน้าที่เป็นรีเอเจนต์สำหรับการกำหนดไอออนฟลูออไรด์ และในการรักษาพื้นผิวโลหะเพื่อเพิ่มความต้านทานการกัดกร่อน บทบาทในสังเคราะห์อินทรีย์รวมถึงการเป็นสารฟลูออรีนเรติ้งเอเจนต์เพื่อนำอะตอมฟลูออรีนเข้าสู่โมเลกุล นอกจากนี้ ยังใช้ในบางผลิตภัณฑ์ทันตกรรมเป็นส่วนผสมป้องกันฟันผุ