แอมโมเนียมไอโอไดด์ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นแหล่งของไอออนไอโอไดด์ในสูตรยาต่างๆ มันมีบทบาทสำคัญในการรักษาโรคขาดไอโอดีน เช่น โรคคอพอก โดยการเสริมไอโอดีนให้กับร่างกาย ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ มันทำหน้าที่เป็นรีเอเจนต์ในการเตรียมสารประกอบไอโอไดน์ โดยสนับสนุนปฏิกิริยาเช่น การไอโอเดตและการแทนที่นิวคลีโอฟิลิก นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีสำหรับถ่ายภาพ โดยทำหน้าที่เป็นสารเพิ่มความไวในอิมัลชันฮาไลด์เงินเพื่อยกระดับคุณภาพภาพ ในเคมีวิเคราะห์ แอมโมเนียมไอโอไดด์ถูกใช้เป็นส่วนประกอบในไทเทรชันรีดอกซ์ที่ใช้ฐานไอโอไดด์สำหรับการกำหนดความเข้มข้นของสารออกซิเดชันตัว มันยังพบการประยุกต์ใช้ในการผลิตสารเคมีเฉพาะทาง รวมถึงสีย้อมและเม็ดสี โดยทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาหรือสารกลาง