โซเดียมเมทาเนสลูโฟเนตใช้เป็นสารเคมีกลางและตัวเร่งปฏิกิริยาในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและสารเคมีเกษตร ทำหน้าที่นำหมู่เมทาเนสลูโฟเนตเข้าสู่โมเลกุลเพื่อสร้างเอสเทอร์เมทาเนสลูโฟเนต ซึ่งเป็นหมู่ที่ออกนี้ออกจากไปได้ดีในปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอไฟล์ โดยให้สภาวะอ่อนโยน มีความเลือกขันและผลผลิตดี ยังใช้ในอ่างชุบโลหะไฟฟ้าเป็นเกลือนำไฟฟ้าเพื่อเพิ่มความสม่ำเสมอและความสว่างของชั้นเคลือบ นอกจากนี้เป็นสารตั้งต้นสำหรับสารลดแรงตึงผิวเบสซัลโฟเนตและตัวเร่งปฏิกิริยา เนื่องจากมีปฏิกิริยาดีและคุณสมบัติการละลายที่เหมาะสม ความเสถียรในน้ำและตัวทำละลายอินทรีย์ขั้วทำให้เหมาะสำหรับปฏิกิริยาขนาดอุตสาหกรรม