สารละลายโซเดียมธัยโอไซยานาตใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอเป็นตัวช่วยย้อมผ้าขนสัตว์ เนื่องจากช่วยให้สีติดดีและสม่ำเสมอ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการแยกโปรตีนและกรดนิวคลีอิกในห้องปฏิบัติการชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการสกัดดีเอ็นเอจากตัวอย่างชีวภาพ ในอุตสาหกรรมโลหะ สารนี้ใช้เป็นตัวลดแรงตึงผิวในกระบวนการชุบโลหะ และช่วยป้องกันการกัดกร่อนของอุปกรณ์ที่ทำจากเหล็ก ยังมีการใช้ในอุตสาหกรรมผลิตสารเคมีเฉพาะทาง เช่น การสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิกที่มีหมู่ธัยโอไซยานาต และใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในบางกระบวนการเคมี ในงานวิเคราะห์ทางเคมี สารละลายนี้ใช้ตรวจวัดปริมาณทองแดงและเหล็กในตัวอย่างน้ำหรือโลหะ โดยการเกิดตะกอนหรือสีที่ชัดเจนเมื่อทำปฏิกิริยากับไอออนเหล่านี้