สารละลายโพแทสเซียมเพอไรโอเดต ใช้เป็นตัวออกซิไดซ์ในปฏิกิริยาเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในการแปรสภาพสารอินทรีย์ให้กลายเป็นสารที่สามารถวิเคราะห์ได้ง่ายขึ้น เช่น การแปรสภาพน้ำตาลหรือคาร์โบไฮเดรตให้เกิดสารที่มีหมู่คาร์บอนิล ซึ่งเหมาะสำหรับการวิเคราะห์ด้วยเทคนิคโครมาโตกราฟี นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิเคราะห์ปริมาณธาตุแมงกานีส โดยการออกซิไดซ์แมงกานีสเป็นแมงกานีสไนน์ ซึ่งดูดกลืนแสงที่ความยาวคลื่นเฉพาะ ทำให้วัดปริมาณได้ด้วยสเปกโตรโฟโตมิเตอร์ ในงานห้องปฏิบัติการ สารละลายนี้ยังใช้ทำความสะอาดอุปกรณ์แก้ว โดยช่วยกำจัดสารอินทรีย์ตกค้างได้อย่างมีประสิทธิภาพ รวมถึงใช้ในกระบวนการเตรียมตัวอย่างทางชีววิทยาและพยาธิวิทยา เช่น การย้อมสีเนื้อเยื่อเพื่อการศึกษาภายใต้กล้องจุลทรรศน์