แมกนีเซียมไอโอไดด์ ถูกใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการจับคู่ (coupling reactions) และการเตรียมรีเอเจนต์กริแนร์ (Grignard reagents) จากอัลไคิลไอโอไดด์ ซึ่งช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน

ในอุตสาหกรรมยา แมกนีเซียมไอโอไดด์มีการใช้เป็นสารช่วยในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะโครงสร้างที่ซับซ้อน

ยังใช้เป็นแหล่งไอออนไอโอไดด์ในปฏิกิริยาเคมีที่ต้องการการปลดปล่อยไอโอดีนอย่างควบคุม รวมถึงในงานวิจัยด้านเคมีของแข็งเพื่อศึกษาปฏิกิริยาที่ขึ้นกับแมกนีเซียมและการนำไอออนิก นอกจากนี้ยังประยุกต์ใช้ในตัวบ่งชี้ความชื้นบางประเภทเนื่องจากคุณสมบัติรับความชื้น และเป็นรีเอเจนต์ในเคมีวิเคราะห์สำหรับการตรวจจับสารบางชนิดแบบคุณภาพ