แมกนีเซียมไอโอไดด์ ถูกใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาที่ต้องการการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน เช่น ปฏิกิริยาของกริเคนนาร์ด (Grignard reaction) หรือปฏิกิริยาการเติมของนิวคลีโอไฟล์ นอกจากนี้ยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อเป็นแหล่งของไอออนแมกนีเซียมหรือไอโอไดด์ในระบบเคมีที่ต้องการความบริสุทธิ์สูง ในบางกรณี แมกนีเซียมไอโอไดด์ยังถูกนำมาใช้ในอุตสาหกรรมฟาร์มาซูติคัลเพื่อช่วยในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ และอาจใช้ในกระบวนการผลิตวัสดุพิเศษ เช่น ผลึกสำหรับอุปกรณ์ออปติคัล เนื่องจากมีคุณสมบัติในการดูดซับความชื้นและเสถียรในสภาวะเฉพาะ