แมกนีเซียมไอโอไดด์ ถูกใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาอินทรีย์หลายชนิด โดยเฉพาะในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน เช่น ในปฏิกิริยาของกริเคนน์ (Grignard reaction) ที่ต้องการแมกนีเซียมในรูปแบบที่ละลายน้ำได้ดี ซึ่งแมกนีเซียมไอโอไดด์สามารถทำหน้าที่เป็นแหล่งของแมกนีเซียมได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมยาเพื่อสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญที่ใช้งานได้ (active pharmaceutical ingredients) และเป็นแหล่งของไอออนไอโอไดด์ในปฏิกิริยาเคมี รวมถึงในการปรุงยาบางชนิด ยังใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ที่ต้องการสภาพแวดล้อมที่ไม่มีน้ำหรือมีความชื้นต่ำ เนื่องจากสารนี้มีความไวต่อความชื้นและสามารถดูดซับน้ำได้ดี จึงต้องใช้ภายใต้สภาวะที่ควบคุมอย่างเข้มงวด ยังมีการใช้งานในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษาคุณสมบัติของสารประกอบแมกนีเซียมในระบบต่าง ๆ อีกด้วย