แมงกานีสคลอไรด์ถูกใช้ในหลายด้าน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมโลหะผสม ซึ่งช่วยเพิ่มความแข็งแรงและความทนทานต่อการกัดกร่อนในเหล็กกล้าและโลหะผสมอลูมิเนียม นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการผลิตสารเคมีต่างๆ และในอุตสาหกรรมสีและเซรามิกเพื่อให้ได้เฉดสีน้ำตาล ดำ หรือม่วงตามต้องการ ในด้านการเกษตร แมงกานีสคลอไรด์ใช้เป็นส่วนผสมในปุ๋ยเพื่อเสริมธาตุอาหารแมงกานีสให้กับพืช โดยเฉพาะในดินที่ขาดธาตุนี้ ซึ่งช่วยในการสังเคราะห์แสงและการเจริญเติบโตของราก ในงานวิจัยทางชีววิทยาและชีวเคมี สารนี้ใช้เป็นโคแฟกเตอร์ในปฏิกิริยาของเอนไซม์บางชนิด และมีการใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อศึกษาบทบาทของแมงกานีสในระบบชีวภาพ ยังมีการนำไปใช้ในแบตเตอรี่ชนิดเฉพาะ และในกระบวนการบำบัดน้ำเสียเพื่อควบคุมระดับของโลหะหนักและช่วยในการตกตะกอนของสารปนเปื้อน