สารละลายไอโอดีนถูกใช้อย่างแพร่หลายในด้านการฆ่าเชื้อและทำให้บริสุทธิ์ โดยเฉพาะในทางการแพทย์เพื่อทำความสะอาดผิวหนังก่อนทำการผ่าตัดหรือฉีดยา ช่วยลดความเสี่ยงการติดเชื้อจากแบคทีเรีย ไวรัส และเชื้อรา นิยมใช้ในรูปของไอโอดีนทิงเจอร์หรือโพวิโดน-ไอโอดีน (Povidone-iodine) ซึ่งมีฤทธิ์ฆ่าเชื้อได้ดีและระคายเคืองผิวน้อยกว่า นอกจากนี้ สารละลายไอโอดีนยังใช้ในการบำบัดน้ำ โดยช่วยฆ่าเชื้อจุลินทรีย์ในน้ำดื่มในกรณีฉุกเฉิน เช่น การเดินป่าหรือภัยพิบัติ ทำให้น้ำปลอดภัยต่อการบริโภคชั่วคราว ในห้องปฏิบัติการ สารละลายไอโอดีนใช้เป็นตัวตรวจหาน้ำตาลชนิดแป้ง (starch) โดยเมื่อเจอกับแป้งจะเกิดสีน้ำเงินเข้ม ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในงานวิเคราะห์ทางชีวเคมี ในบางกรณี ยังใช้ไอโอดีนในการรักษาโรคทางผิวหนัง เช่น เชื้อราที่ผิวหนังหรือหิด รวมถึงใช้ล้างบาดแผลตื้น ๆ เพื่อป้องกันการติดเชื้อได้ด้วย