ใช้ไอโอดีนเป็นสารฆ่าเชื้อโรคสำหรับการรักษาแผล ฆ่าเชื้อพื้นผิว และเตรียมผิวหนังก่อนผ่าตัดหรือฉีดยา เนื่องจากสามารถกำจัดแบคทีเรีย ไวรัส และเชื้อราได้ พบทั่วไปในสารละลายฆ่าเชื้อ เช่น แทงเจอร์ไอโอดีนหรือโพวิโดน-ไอโอดีนสำหรับการใช้ทางการแพทย์

จำเป็นต่อการทำงานของต่อมไทรอยด์ในฐานะส่วนประกอบหลักของฮอร์โมนไทรอยด์ (T3 และ T4) ทำให้มีความสำคัญในอาหารเสริมและเกลือเสริมไอโอดีนเพื่อป้องกันโรคขาดไอโอดีน เช่น โรคคอพอก โดยเฉพาะในเด็กและสตรีตั้งครรภ์

ใช้ในห้องปฏิบัติการเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับการไทเทรต โดยเฉพาะการไทเทรตไอโอเมตริกเพื่อกำหนดความเข้มข้นของสารออกซิเดชันและรีดิวซ์ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวทำละลายหรือตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีและการวิเคราะห์

ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการสังเคราะห์สารคอนทราสต์ที่ใช้ในการถ่ายภาพทางการแพทย์ เช่น ใน CT สแกนและ X-ray

นำไปใช้ในระบบบำบัดน้ำเพื่อฆ่าเชื้อน้ำดื่ม โดยเฉพาะในสถานการณ์ฉุกเฉินหรือกลางแจ้ง

ใช้ในเคมีอินทรีย์เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาหรือตัวเร่งในปฏิกิริยาต่างๆ รวมถึงกระบวนการไอโอเดชันและการเตรียมสารประกอบไอโอดีน

ในอุตสาหกรรมอาหาร ไอโอดีนถูกใช้เป็นสารตรวจสอบแป้ง เนื่องจากเมื่อไอโอดีนทำปฏิกิริยากับแป้งจะเกิดสีน้ำเงินเข้ม ซึ่งช่วยในการตรวจสอบสารปนเปื้อนหรือวิเคราะห์องค์ประกอบของอาหาร

พบในสีย้อมและเม็ดสีบางชนิด และเคยใช้ในทางประวัติศาสตร์สำหรับการปรับโทนและพัฒนาภาพถ่าย