ใช้ไฮดรอกซีอะพาไทต์ในทางการแพทย์เป็นหลัก โดยเฉพาะในการทำวัสดุทดแทนกระดูกและฟัน เนื่องจากมีโครงสร้างคล้ายกับแร่ธาตุที่พบในกระดูกและเคลือบฟันของมนุษย์ จึงช่วยให้ร่างกายเข้ากอดวัสดุได้ดี ไม่เกิดการต่อต้าน นิยมใช้เคลือบพื้นผิวของข้อเทียม เช่น สะโพกเทียม หรือเข่าเทียม เพื่อส่งเสริมให้กระดูกงอกยึดติดกับอุปกรณ์ได้แน่นหนาและรวดเร็วขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในทันตกรรม เช่น วัสดุอุดรากฟัน เคลือบผิวฟันที่สึก หรือใช้ในผลิตภัณฑ์แปรงสีฟันและยาสีฟันสำหรับลดอาการเสียวฟัน ในด้านอื่น ๆ ยังนำไปใช้ในการกรองโลหะหนักในน้ำ เพราะสามารถดูดซับไอออนโลหะได้ดี รวมถึงใช้ในงานวิจัยด้านการส่งยาอย่างมีเป้าหมาย โดยเฉพาะการรักษามะเร็ง