ใช้ไฮดรอกซีอะพาไทต์ในทางการแพทย์เป็นหลัก โดยเฉพาะในการทำวัสดุสำหรับซ่อมแซมหรือแทนที่เนื้อกระดูกและฟัน เนื่องจากมีโครงสร้างคล้ายกับแร่ธาตุที่พบในกระดูกธรรมชาติ ทำให้ร่างกายเข้าใจและยอมรับได้ดี จึงนิยมนำมาใช้ในงานศัลยกรรมกระดูก เช่น การอุดช่องว่างของกระดูกหลังการผ่าตัด หรือใช้เป็นเคลือบผิวของข้อเทียมเพื่อให้กระดูกยึดติดกับอุปกรณ์ได้ดีขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในทันตกรรม เช่น ในการอุดรากฟัน ฟื้นฟันผุ หรือผลิตเป็นวัสดุเติมช่องว่างในเหงือกหลังถอนฟัน เพื่อป้องกันการยุบตัวของกระดูกขากรรไกร ในด้านเครื่องสำอาง ไฮดรอกซีอะพาไทต์ถูกใช้เป็นส่วนผสมในผลิตภัณฑ์ดูแลฟัน เช่น ยาสีฟันสำหรับลดอาการเสียวฟัน เพราะช่วยอุดท่อไมโครในเคลือบฟันและเสริมความแข็งแรงของฟัน ยังมีการนำไปใช้ในห้องปฏิบัติการ เช่น ในการแยกสารชีวโมเลกุลขนาดใหญ่ เช่น โปรตีนหรือดีเอ็นเอ โดยใช้เป็นตัวกลางในกระบวนการโครมาโตกราฟี