ใช้ไฮดรอกซีอะพาไทต์ในงานทางการแพทย์เป็นหลัก โดยเฉพาะในการทำวัสดุสำหรับซ่อมแซมหรือแทนที่กระดูกและฟัน เนื่องจากมีโครงสร้างคล้ายกับแร่ธาตุที่พบในกระดูกธรรมชาติ ทำให้ร่างกายสามารถยอมรับได้ดีและไม่เกิดการต่อต้าน นิยมใช้เคลือบอิมพลานต์ เช่น เข็มฝังในกระดูกหรือฟัน เพื่อช่วยให้เนื้อเยื่อกระดูกยึดติดกับพื้นผิวของอิมพลานต์ได้ดีขึ้น ช่วยเพิ่มความมั่นคงและยืดอายุการใช้งานของอุปกรณ์ นอกจากนี้ยังใช้ในผลิตภัณฑ์ดูแลช่องปาก เช่น ยาสีฟันสำหรับลดความไวของฟัน เพราะช่วยอุดท่อไมโครในเคลือบฟันที่เปิดออก ทำให้ฟันแข็งแรงขึ้นและทนต่อกรดมากขึ้น ในงานวิจัยด้านชีวภาพ ใช้ไฮดรอกซีอะพาไทต์ในการแยกสารชีวโมเลกุล เช่น โปรตีนหรือดีเอ็นเอ เนื่องจากมีคุณสมบัติในการจับกับโมเลกุลชีวภาพบางชนิดได้ดี โดยรวมจึงเป็นวัสดุที่มีความสำคัญในด้านการแพทย์ การทันตกรรม และชีววิทยาโมเลกุล