ไฮดรอกซีอะพาไทต์ Ⅱ ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมทางการแพทย์ โดยเฉพาะในด้านศัลยกรรมกระดูกและทันตกรรม เนื่องจากมีคุณสมบัติที่เข้ากันได้ดีกับเนื้อเยื่อของร่างกาย จึงนิยมใช้เป็นวัสดุเติมเต็มกระดูกในกรณีที่มีการสูญเสียเนื้อกระดูกจากอุบัติเหตุหรือโรคกระดูกพรุน นอกจากนี้ยังใช้เคลือบพื้นผิวของข้อเทียมเพื่อช่วยให้โครงสร้างยึดติดกับกระดูกธรรมชาติได้ดีขึ้น ในทางทันตกรรม ไฮดรอกซีอะพาไทต์ Ⅱ ใช้ในผลิตภัณฑ์แปรงสีฟันและน้ำยาบ้วนปากเพื่อช่วยเสริมการสร้างเคลือบฟัน และลดอาการเสียวฟัน โดยช่วยอุดท่อไมโครในเคลือบฟันที่ถูกเปิดเผยจากเหงือกร่น ทำให้ลดความไวของฟันได้อย่างมีประสิทธิภาพ อีกหนึ่งการประยุกต์ใช้ที่สำคัญคือในด้านการบำบัดน้ำเสีย ซึ่งสามารถใช้ดูดซับโลหะหนัก เช่น ตะกั่ว และแคดเมียม ออกจากน้ำได้อย่างมีประสิทธิภาพ เนื่องจากมีโครงสร้างที่สามารถจับไอออนของโลหะเหล่านี้ได้ดี ทำให้เหมาะสำหรับการฟื้นฟูสิ่งแวดล้อม