ไฮดรอกซีอะพาไทต์ Ⅱ ถูกนำมาใช้ในหลากหลายด้าน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมทางการแพทย์และทันตกรรม เนื่องจากมีคุณสมบัติที่เข้ากันได้ดีกับเนื้อเยื่อของร่างกายมนุษย์ จึงนิยมใช้ในการเคลือบอุปกรณ์ทางการแพทย์ เช่น เครื่องถ่ายเทกระดูกเทียม เพื่อช่วยให้ร่างกายยอมรับวัสดุได้ดีขึ้น และเร่งการยึดติดกับกระดูกธรรมชาติ ในด้านทันตกรรม ใช้ในการซ่อมแซมหรือเติมเต็มกระดูกขากรรไกรที่สูญเสียไปจากโรคเหงือก หรือหลังการถอนฟัน และยังใช้เป็นวัสดุอุดรากฟันเทียมเพื่อกระตุ้นการสร้างกระดูกใหม่ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในผลิตภัณฑ์ดูแลช่องปาก เช่น ยาสีฟันสำหรับผู้ที่มีอาการเสียวฟัน เนื่องจากสามารถช่วยปิดท่อไมโครในเคลือบฟัน ลดความไวของฟันได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในอุตสาหกรรมสิ่งแวดล้อม ไฮดรอกซีอะพาไทต์ Ⅱ ยังใช้ในการดูดซับโลหะหนักจากน้ำเสีย เช่น ตะกั่ว แคดเมียม และสารพิษอื่น ๆ เนื่องจากมีความสามารถในการจับไอออนโลหะได้ดี ทำให้เป็นวัสดุที่มีศักยภาพในการบำบัดน้ำอย่างยั่งยืน