ใช้ไฮดรอกซีอะพาไทต์ในทางการแพทย์เป็นวัสดุสำหรับอุดหรือซ่อมแซมกระดูก เนื่องจากมีโครงสร้างคล้ายกับแร่ธาตุในกระดูกธรรมชาติ ทำให้ร่างกายสามารถยอมรับได้ดีและไม่เกิดการต่อต้านจากภูมิคุ้มกัน มักใช้ในงานศัลยกรรมกระดูก เช่น การเสริมกระดูกขากรรไกร การอุดช่องว่างหลังการผ่าตัดกระดูก หรือใช้เป็นสารเคลือบบนข้อเทียมเพื่อช่วยให้ข้อเทียมยึดติดกับกระดูกได้แน่นขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในผลิตภัณฑ์ดูแลช่องปาก เช่น ยาสีฟันสำหรับลดอาการเสียวฟัน เพราะช่วยอุดท่อเล็กๆ บนผิวเคลือบฟันและส่งเสริมการสร้างฟันใหม่ในระดับไมโคร ทำให้ฟันแข็งแรงขึ้นและทนต่อกรดได้ดีขึ้น ในงานวิจัยด้านชีวภาพ ไฮดรอกซีอะพาไทต์ยังใช้เป็นตัวรองรับในการแยกสารชีวโมเลกุล เช่น การทำโครมาโตกราฟีของโปรตีนหรือดีเอ็นเอ เนื่องจากมีความสามารถในการจับกับโมเลกุลชีวภาพบางชนิดได้ดี