โซเดียมไตรฟลูออโรอะซีเตทถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารเคมีช่วยหรือสารกลาง โดยเฉพาะในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นแหล่งของหมู่ไตรฟลูออโรอะซิทิล ซึ่งมีคุณค่าในการปรับเปลี่ยนโมเลกุลเพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียร ในเคมีเปปไทด์ มันถูกนำมาใช้สำหรับปกป้องหมู่อะมิโนระหว่างการสังเคราะห์ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการเตรียมสารเคมีพิเศษ รวมถึงสีย้อมและสารลดแรงตึงผิว เนื่องจากความสามารถในการนำอะตอมฟลูออรีนเข้าสู่สารประกอบอินทรีย์ บทบาทของมันในการอำนวยความสะดวกให้กับปฏิกิริยาฟลูออรีนทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในการพัฒนาวัสดุขั้นสูงและส่วนประกอบเภสัชภัณฑ์ที่ใช้งานได้