ไซโคลเพนทาไดอีนิล(พี-ไซมีน)รูเทเนียม (II) เฮกซาฟลูออโรฟอสเฟต ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาในปฏิกิริยาเคมีต่างๆ มีประสิทธิภาพสูงในการส่งเสริมการไฮโดรเจนเนชันแบบถ่ายโอน ซึ่งเป็นกระบวนการลดสารประกอบอินทรีย์โดยการถ่ายโอนอะตอมไฮโดรเจนจากโมเลกุลผู้บริจาค ทำให้มีคุณค่าสำหรับการผลิตยาและสารเคมีละเอียด นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในปฏิกิริยาการกระตุ้น C-H ซึ่งช่วยให้สามารถฟังก์ชันนาไลซ์พันธะคาร์บอน-ไฮโดรเจนที่เฉื่อยชา สิ่งนี้มีความสำคัญต่อการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ความเสถียรและประสิทธิภาพของมันยังทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในการสังเคราะห์แบบอะซิมเมトリก ซึ่งช่วยผลิตสารประกอบคีรอลด้วยความเลือกเฉพาะทางทางเอนานติโอเมอร์สูง