Sulforhodamine B acid chloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายในฐานะสีย้อมแบบ reactive ในงานวิจัยทางชีวเคมี โดยเฉพาะสำหรับการติดฉลากโปรตีน เพปไทด์ และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ ความสามารถในการก่อตัวพันธะโคเวเลนต์ที่เสถียรกับกลุ่มอะมิโนทำให้มีคุณค่าต่อการศึกษาที่ใช้หลักการเรืองแสง fluorescence ซึ่งช่วยในการติดตามและการแสดงภาพปฏิสัมพันธ์ของโมเลกุลในเซลล์ที่มีชีวิตหรือเนื้อเยื่อที่ยึดติด นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาโพรบเรืองแสงสำหรับการถ่ายภาพและการใช้งานด้านการวินิจฉัย โดยมีคุณสมบัติความไวสูงและความเสถียรต่อแสงสูง นอกจากนี้ยังเป็นส่วนประกอบหลักในการสังเคราะห์สารคอนจูเกตเรืองแสงสำหรับ flow cytometry กล้องจุลทรรศน์ และเทคนิคการวิเคราะห์อื่นๆ