5(6)-Tetramethylrhodamine isothiocyanate ใช้อย่างแพร่หลายในเทคนิคการติดฉลากและการถ่ายภาพด้วยฟลูออเรสเซนส์ โดยมีคุณค่าอย่างยิ่งในการวิจัยทางชีววิทยาสำหรับการติดแท็กโปรตีน แอนติบอดี และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ ความเข้มข้นของการเรืองแสงสูงและความเสถียรทำให้เหมาะสมสำหรับการติดตามกระบวนการในเซลล์ การศึกษาปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุล และการแสดงภาพโครงสร้างในกล้องจุลทรรศน์ นอกจากนี้ยังใช้ใน flow cytometry เพื่อวิเคราะห์และคัดแยกเซลล์ตามตัวบ่งชี้เฉพาะ นอกจากนี้ยังเป็นส่วนประกอบหลักในขั้นตอนการวินิจฉัยที่ช่วยให้ตรวจจับโมเลกุลเป้าหมายด้วยความไวและความจำเพาะสูง ความหลากหลายและความน่าเชื่อถือทำให้เป็นส่วนสำคัญในทั้งการวิจัยและการประยุกต์ใช้ทางคลินิก