5-carboxyrhodamine-6G เป็นสารสีที่ใช้อย่างแพร่หลายในด้านชีววิทยาโมเลกุลและเทคโนโลยีการถ่ายภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการติดฉลากและติดตามโมเลกุลทางชีวภาพ เช่น DNA, RNA และโปรตีน เนื่องจากมีความไวแสงสูงและให้สัญญาณเรืองแสงที่สว่างชัดเจน จึงมักใช้ในเทคนิคต่างๆ เช่น กล้องจุลทรรศน์เรืองแสง, การวิเคราะห์เซลล์ด้วยโฟลว์ไซโตเมทรี และการทดสอบทางชีวเคมี นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนาอุปกรณ์เซ็นเซอร์ทางชีวภาพและการศึกษากระบวนการทางชีววิทยาในระดับโมเลกุลอีกด้วย