ใช้โรดามีน 123 เป็นตัวติดตามในงานวิจัยชีววิทยา โดยเฉพาะในการศึกษาเซลล์ เนื่องจากมันสามารถแทรกตัวเข้าไปในไมโทคอนเดรียได้ดี ทำให้ใช้ในการตรวจสอบการทำงานของไมโทคอนเดรีย เช่น การวัดศักย์ไฟฟ้าภายในไมโทคอนเดรีย หรือการประเมินสุขภาพของเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาเกี่ยวกับการตายของเซลล์ (apoptosis) เพราะเมื่อไมโทคอนเดรียเสียหาย โรดามีน 123 จะรั่วออกมา ทำให้ความเรืองแสงลดลง ซึ่งสามารถวัดได้ด้วยเครื่อง flow cytometry หรือกล้องจุลทรรศน์เรืองแสง ยังมีการใช้ในงานวิจัยมะเร็งเพื่อศึกษาการดื้อยาของเซลล์มะเร็ง เนื่องจากสารนี้เป็นสารตั้งต้นที่ถูกขับออกโดยโปรตีน P-glycoprotein ซึ่งเกี่ยวข้องกับการดื้อยาเคมีบำบัด