Sulforhodamine B ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสีย้อมเรืองแสงในงานวิจัยทางชีววิทยาและการแพทย์ โดยมักใช้ในแอสเซย์วัดความมีชีวิตของเซลล์และความเป็นพิษต่อเซลล์ เนื่องจากสามารถจับกับโปรตีนในเซลล์ภายใต้สภาวะกรด ซึ่งช่วยให้สามารถวัดปริมาณเซลล์ที่ยึดเกาะได้ สีย้อมนี้ยังใช้ในกระบวนการคัดกรองความเข้มข้นสูงสำหรับการพัฒนายาแก้มะเร็ง โดยช่วยวัดผลกระทบของสารประกอบต่อการเจริญเติบโตและการรอดชีวิตของเซลล์

นอกจากนี้ Sulforhodamine B ยังทำหน้าที่เป็นตัวติดตามในงานศึกษาสิ่งแวดล้อม เช่น การติดตามการไหลของน้ำและการศึกษาการขนส่งตะกอน เนื่องจากมีแสงเรืองแสงที่เข้มข้นและเสถียรในสภาพแวดล้อมน้ำ แสงเรืองแสงสีแดงสดทำให้เหมาะสำหรับใช้ในกล้องจุลทรรศน์เรืองแสงและ flow cytometry เมื่อใช้ตัวกรองที่เหมาะสม

สารนี้ยังถูกนำไปใช้ในเทคโนโลยีเลเซอร์เป็นตัวกลางกำไรในเลเซอร์สีย้อม ซึ่งผลิตแสงที่มองเห็นได้ในช่วงสีแดงถึงใกล้แสงอินฟราเรด เนื่องจากมี photostability และ quantum yield สูง จึงเป็นที่นิยมในงานถ่ายภาพและการทดลองทางโฟโตฟิสิกส์ที่ต้องการแสงเรืองแสงที่สม่ำเสมอ