เอนโดนิวคลีเอส BsaI ใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการจัดการ DNA โดยเฉพาะในด้านพันธุวิศวกรรม เป็นเอนไซม์ตัดจำกัดแบบ II ที่จดจำลำดับ DNA เฉพาะและตัดมัน ทำให้มีคุณค่าในการสร้างการตัดที่แม่นยำในสาย DNA เอนไซม์นี้จำเป็นในเทคนิคเช่น Golden Gate cloning ซึ่งประกอบชิ้นส่วน DNA หลายชิ้นเข้าด้วยกันอย่างราบรื่นในปฏิกิริยาเดียว ความสามารถในการผลิตปลายเหนียวที่มีการยื่นเฉพาะช่วยอำนวยความสะดวกในการเชื่อม DNA ที่มีประสิทธิภาพและแม่นยำ นอกจากนี้ BsaI ยังถูกใช้ในชีววิทยาสังเคราะห์สำหรับการสร้างวงจรและเส้นทางพันธุกรรมที่ซับซ้อน ความจำเพาะและประสิทธิภาพสูงทำให้เป็นเครื่องมือหลักสำหรับนักวิจัยที่ทำงานด้านการแก้ไขยีน การประกอบจีโนม และการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีชีวภาพขั้นสูงอื่นๆ