ใช้ในงานวิจัยด้านภูมิคุ้มกันวิทยา โดยเฉพาะในการศึกษาบทบาทของเซลล์ NK (Natural Killer cells) และการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันต่อมะเร็งและไวรัส โปรตีนนี้ทำหน้าที่เป็นตัวรับที่ยับยั้งการทำงานของเซลล์ NK เมื่อจับกับลิแกนด์ HLA-E บนผิวเซลล์เป้าหมาย ทำให้สามารถควบคุมการโจมตีเซลล์ของภูมิคุ้มกันได้ นิยมใช้ในงานพัฒนาแอนติบอดีเชิงรักษา (therapeutic antibodies) ที่มีเป้าหมายไปที่ NKG2A เพื่อปลดการยับยั้งเซลล์ NK ในการรักษามะเร็ง โดยเฉพาะในมะเร็งหัวและลำคอ รวมถึงมะเร็งบางชนิดที่มีการแสดงออกของ HLA-E สูง นอกจากนี้ยังใช้เป็นเครื่องมือในการตรวจวัดการจับกันระหว่างโปรตีน (protein-protein interaction) ในระบบ ELISA หรือการตรวจสอบด้วยการเรืองแสง (flow cytometry) เพื่อประเมินประสิทธิภาพของสารยับยั้ง หรือศึกษาเส้นทางสัญญาณของเซลล์ภูมิคุ้มกัน