โปรตีน Human CD46, Fc Tag มีการใช้งานหลักในงานวิจัยด้านชีววิทยาโมเลกุลและภูมิคุ้มกัน โดยเฉพาะในการศึกษาการติดเชื้อของไวรัสที่ใช้ CD46 เป็นตัวรับเข้าสู่เซลล์ เช่น ไวรัส Measles และ Adenovirus โปรตีนนี้จึงถูกนำมาใช้เป็นเครื่องมือในการตรวจสอบกลไกการจับตัวของไวรัสกับเซลล์เป้าหมาย นอกจากนี้ โปรตีนนี้ยังใช้ในการพัฒนาและทดสอบแอนติบอดีที่จำเพาะต่อ CD46 เพื่อการวินิจฉัยหรือการรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกัน เช่น โรคแพ้ภูมิตัวเองหรือโรคที่มีการควบคุมคอมพลีเมนต์ผิดปกติ ในงานวิจัยด้านวัคซีน โปรตีน Human CD46, Fc Tag ช่วยในการประเมินประสิทธิภาพของวัคซีนที่ออกแบบมาเพื่อกระตุ้นการตอบสนองของภูมิคุ้มกันต่อไวรัสที่ใช้ CD46 เป็นช่องทางบุกรุกเซลล์ เนื่องจากมีส่วนของ Fc tag จึงสามารถใช้ร่วมกับเทคนิคต่าง ๆ เช่น ELISA, การตกตะกอนด้วยแอนติบอดี (immunoprecipitation) หรือการตรวจจับด้วยระบบตรวจวัดที่จำเพาะต่อ Fc ทำให้สะดวกต่อการแยกและตรวจสอบเป้าหมายในระบบชีวภาพ