ใช้ในงานวิจัยด้านภูมิคุ้มกันวิทยาเพื่อศึกษาการกระตุ้นระบบคอมพลีเมนต์ โดยเฉพาะเส้นทางคลาสสิก ทำหน้าที่เป็นตัวจับหรือตรวจจับในอิมมูโนแอสเซย์ เนื่องจากมี Fc tag ที่จับกับแอนติบอดีต้าน Fc หรือตัวรับ Fc ได้ง่าย ใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาโปรตีน-โปรตีนที่เกี่ยวข้องกับคอมเพล็กซ์ภูมิคุ้มกันและแอนติบอดีต่อต้านตัวเอง

นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาแอนติบอดีบำบัดเพื่อประเมินการฆ่าเซลล์ด้วยคอมพลีเมนต์ (CDC) และประสิทธิภาพการทำงานของแอนติบอดี Fc tag ช่วยให้การทำให้บริสุทธิ์โปรตีนทำได้ง่ายผ่านโครมาโทกราฟีความสัมพันธ์โปรตีน A/G

นิยมใช้ในงาน ELISA และการตรวจหาปฏิกิริยาของโปรตีนกับลิแกนด์ต่างๆ เนื่องจากมี Fc tag จึงสามารถจับกับโปรตีน A หรือโปรตีน G ได้ง่าย ทำให้เหมาะสำหรับการดูดจับหรือตรวจสอบโปรตีนเป้าหมายในระบบชีวโมเลกุล โปรตีนนี้ช่วยตรวจจับแอนติบอดีที่จับกับเชื้อโรค ทำให้เกิดการกระตุ้นลำดับปฏิกิริยาของคอมพลีเมนต์เพื่อกำจัดเชื้อโรค

นอกจากนี้ยังใช้ศึกษาความผิดปกติของระบบภูมิคุ้มกัน เช่น โรคแพ้ภูมิตัวเอง โดยเฉพาะโรคเลปโตส (Lupus erythematosus) ที่เกี่ยวข้องกับการขาดหรือความผิดปกติของ C1q ในการกำจัดเซลล์ที่ตายแล้ว