ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ เอสเตอร์ methanesulfonic acid แบบ chiral นี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับการเตรียมเภสัชภัณฑ์ต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อนที่ stereochemistry มีบทบาทสำคัญ เช่น ยาที่เล็งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง สารนี้ใช้คุณสมบัติโครงสร้างเพื่อสร้างโมเลกุลที่จับกับตัวรับเฉพาะ ความสามารถเป็น leaving group ที่ดีเยี่ยม ความเสถียร และ reactivity ทำให้เป็นตัวเลือกที่นิยมในการผลิตสาร enantiomerically pure ซึ่งจำเป็นสำหรับ active pharmaceutical ingredients ที่มีผลข้างเคียงน้อย