6-Bromo-3-chloro-2-methylquinoxaline เป็นสารเคมีที่นำมาใช้หลักๆ ในสาขาการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางที่หลากหลาย โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในการพัฒนายาเภสัชกรรมต่างๆ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพทางชีวภาพ โครงสร้างของสารนี้มักถูกนำมาใช้ในการสร้างอนุพันธ์ควิโนซาลีน ซึ่งถูกสำรวจสำหรับคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ ต้านมะเร็ง และต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังมีการนำไปประยุกต์ใช้ในการวิจัยและพัฒนาเคมีเกษตร เพื่อสนับสนุนการออกแบบยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ โครงสร้างที่มีฮาโลเจนทำให้เป็นสารตั้งต้นที่มีคุณค่าในการทำปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้ง ซึ่งช่วยในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการศึกษาเพิ่มเติมหรือการใช้งานในอุตสาหกรรม