2,6-Dimethoxy-1,4-benzoquinone ใช้ในการวิจัยทางเคมีและชีววิทยาเพื่อศึกษากลไกการเกิดปฏิกิริยาออกซิเดชันและรีดักชัน เนื่องจากมีคุณสมบัติเป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาประสิทธิภาพของสารต้านอนุมูลอิสระ เนื่องจากมีโครงสร้างที่คล้ายกับสารธรรมชาติที่มีฤทธิ์ต้านอนุมูลอิสระ ในทางเภสัชวิทยา สารนี้ถูกศึกษาถึงศักยภาพในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง และอาจมีบทบาทในการพัฒนายาต้านมะเร็งในอนาคต นอกจากนี้ยังมีการวิจัยถึงการนำไปใช้ในอุตสาหกรรมอาหารและเครื่องสำอางเพื่อเป็นสารกันบูดหรือสารต้านเชื้อจุลินทรีย์