6-Bromo-3-fluoroquinoline ใช้หลักๆ ในการวิจัยและพัฒนายาในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างยาที่มีฐาน quinoline ซึ่งมีคุณสมบัติการรักษาที่กว้างขวาง สารประกอบนี้มักถูกนำมาใช้ในการออกแบบยาต้านจุลินทรีย์และยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้าง quinoline มีกิจกรรมทางชีวภาพโดยกำเนิด นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการพัฒนาโพรบเรืองแสงและสารตัวแทนการถ่ายภาพ ซึ่งช่วยในการศึกษากระบวนการในเซลล์และกลไกของโรค ลักษณะการมีฮาโลเจนช่วยให้สามารถดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติมได้ ทำให้เป็นส่วนประกอบที่หลากหลายในเคมียาและการค้นพบยา