6-fluoroquinolin-3-amine ถูกใช้หลักๆ ในสาขาเคมีทางการแพทย์และการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสารที่มีศักยภาพในการรักษา โครงสร้างของมันมักถูกนำมาใช้ประโยชน์ในการพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะในการออกแบบโมเลกุลที่เล็งเป้าไปที่การติดเชื้อแบคทีเรีย เนื่องจากโครงสร้าง quinoline มีคุณสมบัติต้านจุลชีพที่เป็นที่รู้จัก นักวิจัยใช้สารนี้ในการปรับแต่งและเพิ่มประสิทธิภาพยาที่เป็นผู้สมัคร เพื่อเพิ่มประสิทธิผล ความเลือกสรร และคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เพื่อเข้าใจว่าการปรับเปลี่ยนทางเคมีเฉพาะเจาะจงส่งผลต่อกิจกรรมทางชีวภาพอย่างไร สารเคมีนี้ยังมีคุณค่าในการสังเคราะห์โพรบเรืองแสงและสีย้อม ซึ่งถูกใช้ในงานทดสอบทางชีวเคมีและการศึกษาการถ่ายภาพเพื่อแสดงภาพและติดตามกระบวนการทางชีววิทยา