2,4-Dichloro-6,7-dimethoxyquinoline ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านมาลาเรีย ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่เล็งเป้าไปยังการติดเชื้อจากปรสิต นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างอนุพันธ์ควิโนลีนที่ซับซ้อน ซึ่งถูกศึกษาสำหรับคุณสมบัติทางรักษาที่มีศักยภาพ บทบาทของมันในเคมียารักษาโรคมีความสำคัญเนื่องจากความยืดหยุ่นทางโครงสร้างและปฏิกิริยา