2-Bromo-6-fluoroquinoline ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการสังเคราะห์สารเคมี โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างสารประกอบที่มีโครงสร้าง quinoline ซึ่งเป็นโครงสร้างพื้นฐานที่สำคัญในหลายๆ ยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านเชื้อแบคทีเรีย และยาต้านไวรัส นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในการศึกษาวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น และเพื่อปรับปรุงคุณสมบัติของสารที่มีโครงสร้างคล้ายคลึงกันให้มีประสิทธิภาพในการรักษาโรคสูงขึ้น