6-Fluoro-8-nitroquinoline ใช้ในการวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาคุณสมบัติทางชีวภาพและฤทธิ์ต้านจุลชีพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาต้านแบคทีเรียและยาต้านเชื้อรา นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคติดเชื้อ การศึกษาความเป็นพิษและประสิทธิภาพของสารนี้ยังช่วยในการออกแบบยาชนิดใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงและปลอดภัยมากขึ้น