5-Bromo-2-chloroquinoline ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในการพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติรักษา โดยเฉพาะในการสร้างยาต้านมาลาเรียและยาต้านมะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ส่งเสริมการพัฒนายาตัวต่างๆ ในสารเคมีเกษตร ใช้ในการผลิตยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช เนื่องจากความสามารถในการยับยั้งเอนไซม์หรือเส้นทางเฉพาะในศัตรูพืชและวัชพืช นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยและพัฒนาเพื่อศึกษาปฏิกิริยาเคมีและออกแบบโมเลกุลใหม่ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ