เอทิล 4-คลอโร-6,8-ไดฟลูออโรควิโนลีน-3-คาร์บ็อกซิเลต ใช้หลักๆ ในสาขาเคมีทางการแพทย์เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันเป็นพื้นฐานสำหรับการพัฒนายาเภสัชที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะในการสร้างยาต้านจุลชีพและยาต้านมะเร็ง การมีอะตอมฮาโลเจน (คลอรีนและฟลูออรีน) เพิ่มความตอบสนองทางเคมี ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีค่าในการปรับเปลี่ยนทางเคมีเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและความเลือกสรรของยา นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในสถานที่วิจัยเพื่อสำรวจเส้นทางบำบัดใหม่และปรับปรุงยาที่มีศักยภาพเพื่อคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่เพิ่มขึ้น